Di Yogyakarta, YPA-MDR membina 2 Kabupaten yaitu Kab. Gunung Kidul dan Kab. Bantul sejak tahun 2007. Di Kab. Gunung Kidul, tepatnya di Kec. Gedangsari, YPA-MDR telah membina 6 SD, 1 SMP, dan 1 SMK serta 101 guru dan 1.562 siswa. Untuk pembinaan di Kab. Bantul, tepatnya di Kec. Pandak, YPA-MDR membina 3 SD, 1 SMP, dan 1 SMK, serta 87 guru dan 1.258 siswa.